تم بناء هذا المبنى ككنيسة في اواخر القرن ال(13) من قبل البيزنطي ميخائيل غلاباس تاركانيوتوس في حي جارشامبا من منطقة الفاتح في موقع يشرف على الخليج .. وبعد فتح القسطنطينية وبأمر من السلطان محمد الفاتح تم نقل البطرياكية الارثوزوكسية اليه عام 1455 …
وفي عام 1595 وبعد فتح جورجيا وازربيجان تم تحويله الى جامع كزكرى هذا الفتح وسمي بذلك جامع الفاتحية .. وبعد تحويله الى جامع تم هدم بعض اقسام الكنيسة واضافة مكان مغلق مغطى بالقبة والتي تحوي المحراب وكذلك اضيفت المأذنة والمدرسة التي تحيط بالساحة من ثلاث جهات …
تم ترميم المبنى في عام 1845 وتم في اوائل القرن ال(20) بناء مدرسة ابتدائية مكان مدرسته وتم ازالة حائط الساحة ففقد المبنى بذلك وصفه السابق ككلية .. وتم بين عامي 1936 و1938 ترميم الجامع من قبل مديرية الاوقاف وتحويله الى متحف واسناد ادارته الى مديرية المتاحف …
وفي عام 1960 تم تحويله من جديد الى جامع وتم ترميم القبر البيزنطي الموجود قربه من قبل المعهد البيزنطي حيث اكتشف اثناء ذلك التحف والموزاييك التي كانت في القبر …